El CIEM desarrolla investigación basada en búsqueda de solución parcial o total de la problemática nacional en el campo de las enfermedades endocrino-metabólicas que más afectan a nuestra población como son Diabetes mellitus y Obesidad. Así mismo el CIEM desarrolla planes dirigidos a la investigación de alimentos destinados a la prevención y tratamiento de dichas alteraciones metabólicas.

El CIEM también dirige sus mejores esfuerzos a la investigación en el área Químico-Farmacéutica, a través de la síntesis química de moléculas con actividad farmacológica o mediante aislamiento, purificación y posterior caracterización química y farmacológica de moléculas de origen natural, para contribuir a romper nuestra dependencia científico-tecnológica en materia de medicamentos.